Teneinde mazen te voorkomen in de regelgeving bij de invoer van planten, plantaardige producten of andere materialen uit derde landen en verder vervoer binnen de EU, mogen fytosanitaire certificaten uitsluitend door plantenpaspoorten worden vervangen indien de grenscontroles bevredigend waren en hebben aangetoond dat de goederen in kwestie voldoen aan de vereisten voor uitgifte van een plantenpaspoort (bijv. dat ze vrij zijn van quarantaineorganismen, aan de specifieke invoervereisten voldoen, enzovoort).
Zur Vermeidung von Schlupflöchern bei der Einfuhr von Pflanzen, Pflanzenerzeugnissen oder sonstigen Gegenständen aus einem Drittland in die EU und der anschließenden Verbringung innerhalb der EU dürfen Pflanzengesundheitszeugnisse nur dann durch Pflanzenpässe ersetzt werden, wenn die Grenzkontrollen zufriedenstellend abgeschlossen wurden und ergeben haben, dass die fraglichen Waren die Voraussetzungen für die Ausstellung eines Pflanzenpasses erfüllen (z. B. kein Befall mit Quarantäneschädlingen, Erfüllung spezieller Einfuhrbestimmungen usw.)