Voor metalen of gehalogeneerde organische stoffen geldt dat deze waarden moeten voldoen aan de emissieregels die oorspronkelijk overeenkomstig Richtlijn 2006/11/EG waren vastgesteld voor het lozen van bepaalde stoffen in het aquatische milieu (en sinds 2013 zijn opgenomen in Richtlijn 2000/60/EG, de Kaderrichtlijn Water van de EU).
Diese Grenzwerte können strenger sein als die in dieser Richtlinie vorgesehenen Werte. Bei Metallen und organohalogenen Stoffen müssen bei diesen Grenzwerten zugleich die ursprünglich mit der Richtlinie 2006/11/EG festgesetzten Emissionsgrenzwerte zur Freisetzung bestimmter Stoffe in Meeresgewässer eingehalten werden (die seit 2013 in die Richtlinie 2000/60/EG, die EU-Wasserrahmenrichtlinie, integriert sind).