Ondanks het bovenstaande heeft de Commissie ook specifieke handhavings- en dwangmaatregelen om "op snelle, effectieve en evenredige wijze te kunnen optreden tegen niet-nakoming van verplichtingen door een erkende organisatie" (overweging 10 van de verordening), namelijk de mogelijkheid om een erkende organisatie formeel te verplichten preventieve en corrigerende maatregelen binnen bepaalde termijnen uit te voeren (artikel 5) en om geldboeten en/of dwangsommen op te leggen (artikel 6).
Ungeachtet der vorstehenden Ausführungen ist die Kommission auch befugt, konkrete Durchsetzungs- und Zwangsmaßnahmen zu ergreifen, damit „Verstöße der anerkannten Organisationen gegen die ihnen auferlegten Verpflichtungen zügig, wirksam und angemessen verfolgt werden können“ (Erwägungsgrund 10 der Verordnung); sie hat nämlich die Möglichkeit, von den anerkannten Organisationen förmlich zu verlangen, dass sie innerhalb bestimmter Fristen die erforderlichen Verhütungs- und Behebungsmaßnahmen ergreifen (Artikel 5) und kann Geldbußen und/oder Zwangsgelder verhängen (Artikel 6).