Het beheerscomité van Phare zorgt voor de coördinatie tussen deze drie instrumenten, terwijl verdere coördinatie plaatsvindt via het gezamenlijk monitoringcomité van Phare, het brede coördinatiecomité van de diensten van de Commissie en de periodieke bijeenkomsten met de EC-delegaties in de begunstigde landen.
Der PHARE-Verwaltungsausschuss gewährleistet eine enge Koordinierung zwischen diesen drei Instrumenten. Eine weitere Koordinierung erfolgt über den Gemeinsamen Monitoringausschuss (von PHARE), den interdirektionalen Koordinierungsausschuss und die regelmäßigen Sitzungen mit den Gemeinschaftsdelegationen in den Empfängerländern.