Behalve de wijziging van de Phare-verordening inzake grensoverschrijdende samenwerking zetten de herziene Phare-richtsnoeren de bakens uit voor transnationale en interregionale samenwerking enerzijds en samenwerking met niet-EU- en niet-kandidaat-landen anderzijds: de 10 Phare-landen worden aangemoedigd om met de middelen uit hun nationale Phare-programma’s activiteiten met een grensoverschrijdend karakter aan hun buitengrenzen te ondersteunen om zo potentiële scheidslijnen aan de toekomstige grens van de Unie te overbruggen.
Neben der Änderung der Verordnung über die grenzübergreifende Zusammenarbeit im Rahmen des PHARE-Programms enthalten die überarbeiteten PHARE-Leitlinien zwei wichtige Bekanntmachungen über die Zusammenarbeit mit Drittstaaten, die keine Beitrittsländer sind, sowie über die transnationale und interregionale Zusammenarbeit: Die zehn Beitrittsländer wurden ermutigt, an ihren Außengrenzen die Mittel der PHARE-Länderprogramme zur Förderung von Aktivitäten grenzübergreifender Natur einzusetzen und damit möglichen, neuen Trennungslinien an der künftigen Grenze der Union entgegen zu wirken.