De structuur omvat de overgangsraad voor Kosovo (Kosovo Transitional Council - KTC), het grootste adviesorgaan van JIAS, de tijdelijke adviesraad (Interim Advisory Council - IAC) die de SRSG adviseert en als uitvoerend orgaan voor JIAS optreedt, en 20 administratieve departementen, elk onder een tweehoofdige leiding, een Kosovaar en een UNMIK-functionaris.
Dazu gehören auch der Kosovo-Übergangsrat (KTC) als höchstes Beratungsgremium der JIAS, der Interimsbeirat (IAC), der auch als Beratungsorgan für den SRSG dient und gleichzeitig als Exekutivorgan für die JIAS fungiert, sowie 20 Verwaltungsabteilungen, die jeweils von einem Kosovaren und einem UNMIK-Beamten als Ko-Administratoren geleitet werden.