In 1998 werd Marc Franco benoemd tot directeur van het Cohesiefonds en vervolgens kwam hij aan het hoofd van de Task Force voor de wederopbouw van Kosovo in 1998-2000, waarna hij terugkeerde naar het DG Regionaal Beleid om de aanloop van ISPA (pretoetredingsinstrument voor het structuurbeleid) in goede banen te leiden.
1998 wurde Marc Franco zum Direktor des Kohäsionsfonds ernannt; anschließend leitete er von 1998-2000 die Task Force der Europäischen Kommission für den Wiederaufbau des Kosovo, bevor er in die GD Regionalpolitik zurückkehrte, um dort die Einführung des ISPA (Strukturpolitisches Instrument für die Vorbeitrittsphase) zu leiten.