Het secretariaat is verantwoordelijk voor de algemene coördinatie van en het algemene toezicht op de activiteiten van BONUS alsook voor de publicatie, evaluatie en het resultaat van de uitnodigingen tot het indienen van voorstellen en de opvolging van de gefinancierde projecten, zowel uit contractueel als uit wetenschappelijk oogpunt; het brengt verslag uit aan de stuurgroep.
Das Sekretariat ist verantwortlich für die Gesamtkoordinierung und Überwachung der Aktivitäten von BONUS, die Veröffentlichung, Bewertung und das Ergebnis der Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen und die Überwachung der geförderten Projekte — sowohl aus vertraglicher als auch aus wissenschaftlicher Sicht — sowie die Berichterstattung über die Fortschritte an den Lenkungsausschuss.