De ervaring met Eureka en andere multinationale onderzoeksinitiatieven heeft geleerd dat het bij grootschalige transnationale projecten zeer moeilijk is, vaak als gevolg van de verschillende goedkeuringsprocedures, om ervoor te zorgen dat meerjarige overheidssteun uit verschillende lidstaten op tijd en onderling gecoördineerd ter beschikking wordt gesteld.
Wie Eureka und andere multinationale Forschungsinitiativen zeigen, bestehen bei transnationalen Großprojekten erhebliche Schwierigkeiten, über mehrere Jahre hin die rechtzeitige synchronisierte Bereitstellung öffentlicher Fördermittel durch verschiedene Mitgliedstaaten sicherzustellen, was oft mit den unterschiedlichen Verfahren der Förderungsgewährung zusammenhängt.