Problemen worden veroorzaakt door het ontbreken van geharmoniseerde procedures voor de handhaving en bepaalde onduidelijke onderdelen van de verordening, zoals waar het gaat over vertraging en annulering, vluchten vertrekkend vanuit niet-EU-landen, plaatsing in een lagere klasse en informatievoorziening aan vrijwilligers bij instapweigering.
Schwierigkeiten ergeben sich daraus, dass es an harmonisierten Verfahren der Durchsetzung fehlt und einige Teile der Verordnung unklar sind, beispielsweise die, in denen es um Verspätungen und Annullierungen, Abflüge aus Nicht-EU-Ländern, Herabstufung und die Bereitstellung von Informationen an Fluggäste, die freiwillig auf ihre Buchung verzichten, geht.
