De eis van onafhankelijkheid betekent dat de audits wel kunnen worden uitgevoerd door inhouse-deskundigen, op voorwaarde dat zij gekwalificeerd of geaccrediteerd zijn, dat zij niet direct bij de gecontroleerde activiteit zijn betrokken en dat de lidstaat een regeling heeft ingesteld om de kwaliteit daarvan te verzekeren en te controleren en desgevallend sancties op te leggen.
Die geforderte Unabhängigkeit ermöglicht eine Durchführung der Audits durch interne Experten, sofern diese qualifiziert oder akkreditiert und nicht unmittelbar in der Tätigkeit, die Gegenstand des Audits ist, beschäftigt sind und sofern der betreffende Mitgliedstaat ein System eingeführt hat, um ihre Qualität sicherzustellen und zu überprüfen und gegebenenfalls Sanktionen zu verhängen.