Het beheer van het ISPA is, zoals het Parlement reeds heeft opgemerkt in zijn resolutie over de structuurfondsen, het Cohesiefonds en het ISPA (A5-0202/2002), en zoals ook de Rekenkamer aangeeft in haar jaarverslag over 2000, vanaf het programmajaar 2000 gepaard gegaan met tal van praktische uitvoeringsproblemen, die ten dele te voorzien waren, gelet op het innoverende karakter van het programma en het feit dat de projecten volgens communautaire normen moesten worden uitgevoerd in landen die geen deel uitmaken van de EU en waar dergelijke regels nog niet gelden en vaak ook gewoon onbekend blijken te zijn.
As Parliament has already commented in its resolution on the Structural Funds, the Cohesion Fund and the ISPA (A5-202/2002), and as the Court of Auditors states in its Annual Report for the year 2000, actual implementation of the ISPA with effect from the 2000 programming year was fraught with difficulty, although this may be partly accounted for by the innovative nature of the programme and the need for projects to be drawn up in accordance with Community rules in countries which are not EU members and in which such rules do not apply and are often simply not known about.