De steunprogramma's worden regelmatig onderworpen aan toezicht en controles: de tussentijdse evaluatie van Litouwen en Slowakije werd afgerond in 2007, de Commissie hield in 2007 een interne audit van de drie programma's, de Commissie en de Rekenkamer hielden een audit van het Central Project Management Agency, er heeft een audit plaatsgevonden met het oog op de afgifte van de betrouwbaarheidsverklaring 2008 door de Rekenkamer, en de Rekenkamer heeft een haalbaarheidsstudie verricht met betrekking tot een "full-performance" audit.
The assistance programme has been subject to regular audits and evaluations: mid-term evaluation for Lithuania and Slovakia finalised in 2007, European Commission's internal audits of all three programmes in 2007, audit of the Central Project Management Agency by the European Commission and the European Court of Auditors, audit for the statement of assurance (DAS2008) by the European Court of Auditors, as well as a feasibility study from the European Court of Auditors regarding a full performance audit.