Wat de bevoegdheden van de voedselautoriteit betreft, waren verscheidene lidstaten van oordeel dat de autoriteit zich alleen moet bezighouden met de voedselveiligheid stricto sensu; andere lidstaten daarentegen steunden de algemene benadering van de wetenschappelijke evaluatie (in alle stadia van de voedselketen), die de Commissie voorstaat.
Was den Zuständigkeitsbereich der Behörde anbelangt, so waren mehrere Mitgliedstaaten zwar der Auffassung, dass sich die Behörde nur mit der Lebensmittelsicherheit im engeren Sinne befassen sollte, während andere das von der Kommission verfolgte globale Konzept der wissenschaftlichen Evaluierung (über die gesamte Lebensmittelherstellungskette hinweg) unterstützten.