Hoewel de afstemming van de financiering aanzienlijke mogelijkheden biedt, moet in acht worden genomen dat de strategieën voor het Oostzeegebied en de Donauregio halverwege de financieringsperiode in gang werden gezet, waardoor de coördinatie met bestaande beleidsmaatregelen en programma’s soms lastig is.
Si l’alignement des fonds recèle un potentiel non négligeable, le lancement des stratégies de l'UE pour la région de la mer Baltique et pour la région du Danube est advenu au milieu d'une période de financement, ce qui fait qu'il est parfois difficile d'assurer la cohérence avec les politiques et les programmes existants.