Artikel 16 van de kaderrichtlijn noemt de diverse verplichtingen van de Europese Commissie, zoals het doen van voorstellen, waaronder specifieke maatregelen tegen waterverontreiniging door bepaalde verontreinigende stoffen of groepen van verontreinigende stoffen die een belangrijk risico vormen voor of via het aquatisch milieu, opstellen van een lijst van prioritaire stoffen en prioritaire gevaarlijke stoffen, vaststellen van kwaliteitsnormen voor concentraties van prioritaire stoffen in oppervlaktewateren, sedimenten of biota.
Ainsi en son article 16, la directive-cadre énumère différentes obligations de proposition à la Commission européenne dont des mesures spécifiques contre la pollution de l'eau par certains polluants ou groupes de polluants présentant un risque significatif pour ou via l'environnement aquatique, dresser une liste des substances prioritaires et parmi elles des substances dangereuses prioritaires, mais également fixer des normes de qualité applicables aux concentrations des substances prioritaires dans les eaux de surface, les sédiments ou le biote.