Als gevolg van de verschillen tussen de bestaande systemen (vergelijkbaar met de situatie voor de harmonisatie van de nationale douanewetgevingen) doen de uiteenlopende voorschriften de voordelen van de tot op heden gerealiseerde harmonisatie evenwel teniet, met name door een gebrek aan interoperabiliteit.
Toutefois, vu les divergences entre les systèmes existants (divergences similaires à celles qui existaient avant l'harmonisation des législations douanières nationales), les différentes règles et données mettent en péril les avantages de l'harmonisation réalisée jusqu'à présent, notamment faute d'interopérabilité.