De structuur ervan werd bewust afgestemd op die van het Handvest : ook het Protocol wordt onderverdeeld in een deel I, waarin rechten en principes die als doelstelling gelden, op algemene wijze worden aangegeven, en een deel II, waarin dezelfde rechten in een normatieve en gedetailleerde vorm ter opheldering van de precieze verplichtingen voor de Partijen worden overgenomen.
Sa structure a été délibérément modelée sur celle de la Charte : ainsi on retrouve dans le texte la même subdivision en une partie I, contenant des droits et principes énoncés d'une manière générale et ayant la valeur d'objectifs, et une partie II reprenant les mêmes droits sous une forme normative et détaillée explicitant des engagements précis pour les Parties.