Afzonderlijke vrijwaringsclausules werden eveneens toegekend, als daar zijn de vrijwaringsclausules onder de hoofdstukken vrij verkeer van personen en transport, alsmede een verlengde economische vrijwaringsclausule voor Litouwen tot 2012 betreffende de energiebevoorrading onder het Ignalinaprotocol (zie supra).
Par ailleurs, des clauses de sauvegarde séparées ont été accordées : citons les clauses de sauvegarde figurant aux chapitres « liberté de circulation des personnes » et « transport », ainsi qu'une clause de sauvegarde économique pour la Lituanie, relative à l'approvisionnement énergétique aux termes du protocole relatif à Ignalina (cf. supra), prorogée jusqu'en 2012.
