I checked the Robert dictionary and it says that to disable is to ``make unable, unfit, ineffective''; hence, to disable a ship means to cause damage that will prevent it from manoeuvering, for example cause damage to the helm, the motor or other essential instruments.
J'ai consulté, pour ma part, le dictionnaire Robert, et désemparer un navire, c'est lui infliger des dommages qui vont, par la suite, l'empêcher de manoeuvrer. Par exemple, endommager le gouvernail, endommager le moteur, endommager les instruments essentiels de navigation.