Les effets susmentionnés du fénofibrate sur les lipoprotéines conduisent à une baisse des fractions de faible densité (VLDL et LDL) contenant l'apoprotéine B et une augmentation des fractions de haute densité (HDL) contenant les apoprotéines AI et AII.
Bovendien verhoogt fenofibraat door modulatie van de synthese en de afbraak van VLDL fracties de LDL klaring en reduceert het kleine, dense LDL waarvan de waarden verhoogd zijn in het atherogene lipoproteïne fenotype, een vaak voorkomende stoornis bij patiënten die risico lopen op een coronaire hartziekte.