Le Protocole no 2 annexé au Traité de Lisbonne modifie le Traité instituant la Communauté européenne de l'énergie atomique (CEEA); en vertu de ce Protocole, plusieurs articles du Traité sur l'Union européenne et du Traité sur le fonctionnement de l'Union européenne sont rendus applicables au Traité instituant la Communauté européenne de l'énergie atomique (CEEA), par exemple sur le fonctionnement des institutions européennes et sur leur compétence à créer du droit dérivé.
Bij Protocol nr. 2, dat gehecht is aan het Verdrag van Lissabon, wordt het Verdrag tot oprichting van de Europese Gemeenschap voor Atoomenergie (E.G.A.E) gewijzigd; krachtens dit Protocol worden verschillende artikelen van het Verdrag betreffende de Europese Unie en van het Verdrag betreffende de werking van de Europese Unie van toepassing verklaard op het Verdrag tot oprichting van de Europese Gemeenschap voor Atoomenergie (E.G.A.E.), bijvoorbeeld op de werking van de Europese instellingen en op hun bevoegdheid om afgeleid recht te creëren.