Une autre caractéristique du 6ème PAE est l'obligation d'élaborer des stratégies thématiques dans les domaines suivants : protection contre la pollution et conservation du milieu maritime, protection des sols, pollution atmosphérique, utilisation viable des pesticides, environnement urbain, utilisation viable et gestion des ressources, et recyclage des déchets.
Voorts eist dit zesde milieuactieprogramma dat er thematische strategieën worden opgesteld op de volgende gebieden: bestrijding van de verontreiniging en behoud van het mariene milieu, bodembescherming, luchtverontreiniging, duurzaam gebruik van bestrijdingsmiddelen, stedelijke ontwikkeling, duurzaam gebruik en beheer van hulpbronnen, hergebruik van afval.