L’enregistrement et la protection des indications géographiques peuvent donner lieu à des conflits avec les utilisateurs, effectifs ou potentiels, des dénominations concernées, comme les détenteurs de marques commerciales ou les utilisateurs de dénominations de variétés végétales et de races animales qui contiennent ces indications géographiques.
De registratie en bescherming van een geografische aanduiding kunnen leiden tot geschillen met bestaande (of potentiële) gebruikers van de betrokken naam, zoals houders van een handelsmerk dat, of gebruikers van de naam van een planten- of dierenras die, de geografische aanduiding bevat.