Transnationale samenwerking (20% van het budget) op grotere schaal is gericht op de bevordering van samenwerking tussen naburige regio’s die tot hetzelfde geografische gebied behoren, teneinde de strategische prioriteiten van de Unie te verwezenlijken op terreinen zoals onderzoek en ontwikkeling, de informatiemaatschappij, het milieu, hoger onderwijs, mobiliteit en duurzame stadsontwikkeling, alsmede het beheer van natuurrampen.
Die transnationale Zusammenarbeit (20 % der Haushaltsmittel) zielt auf einem noch umfassenderen Niveau darauf ab, die Zusammenarbeit zwischen Nachbarregionen, die demselben geografischen Gebiet angehören, in strategisch vorrangigen Bereichen der Union wie Forschung und Entwicklung, Informationsgesellschaft, Umwelt, Hochschulbildung, Mobilität, nachhaltige Stadtentwicklung und Bewältigung von Naturkatastrophen zu unterstützen.