Het is de bedoeling om daarmee een kader te leveren voor de internationale handel in genetisch gemodificeerde organismen (GGO's), of, de eigen terminologie van de Conventie over te nemen: "Gemodificeerde levende organismen, voortgekomen uit de moderne biotechnologie, die nadelige gevolgen kunnen hebben voor het behoud en het duurzame gebruik van de biologische diversiteit of risico's voor de gezondheid van de mens kunnen opleveren".
Ziel des Protokolls ist es, einen Rahmen für den internationalen Handel mit genetisch veränderten Organismen (GVO) oder, in der Terminologie des Übereinkommens, mit „durch moderne Biotechnologie hervorgebrachten lebenden veränderten Organismen, die nachteilige Auswirkungen auf die Erhaltung und nachhaltige Nutzung der biologischen Vielfalt haben können, wobei auch Risiken für die menschliche Gesundheit zu berücksichtigen sind“, zu bilden.