De Commissie oppert in haar voorstel een groot aantal uitvoeringshandelingen vast te stellen. Een aantal daarvan heeft betrekking op de vaststelling (en toekomstige wijziging) van een lijst van EU-quarantaineorganismen (artikel 5), prioritaire quarantaineorganismen (artikel 6), maatregelen ter bestrijding van specifieke EU-quarantaineorganismen (artikel 27), beschermde gebieden en BG-quarantaineorganismen (artikel 32) alsook kwaliteitsorganismen (artikel 37).
Im Vorschlag der Kommission wird eine Vielzahl von Durchführungsrechtsakten genannt, die sich unter anderem auf Folgendes beziehen: die Aufstellung (und künftige Änderung) einer Liste der Unionsquarantäneschädlinge (Artikel 5), einer Liste der prioritären Schädlinge (Artikel 6), einer Liste der Schutzgebiete und Schutzgebiet-Quarantäneschädlinge (Artikel 32), einer Liste der Unionsqualitätsschädlinge (Artikel 37) sowie die Festlegung von Maßnahmen zur Bekämpfung bestimmter Unionsquarantäneschädlinge (Artikel 27).