Het is niet altijd duidelijk wanneer de humanitaire clausule precies moet worden toegepast; zo is onduidelijk of de clausule kan worden toegepast op verzoek van een asielzoeker en of er bepaalde termijnen gelden voor het indienen van verzoeken van de ene lidstaat bij de andere.
En ce qui concerne la clause humanitaire, les modalités précises de son application ne sont dans certains cas pas spécifiées, en particulier, si elle peut être appliquée à la demande d'un demandeur d'asile ou si des délais s'appliquent aux requêtes adressées par un État membre à un autre.